本工程硕士专业学位点于2010年获批，专业学位硕士的培养着重科研能力与工程能力的紧密结合，强化工程与实践能力的培养，形成了“321”人才培养特色模式，即具备三类学科基础（化学类、生物类和工程类）知识，两大能力（创新能力和工程能力）并掌握一种“三废治理”专业技术。具有以下培养特点：
依托产业化科研及实践平台，培养应用型、复合型专业人才。针对环境工程毕业生的社会需求特点，发挥良好的平台优势及工程实践优势，注重训练和培养员工的环境工程技术能力、独立设计能力、工程施工与调试能力，优化培养方案、实践教学体系，创建开放实践平台，培养应用型、复合型高级工程技术人才与高级工程管理人才。
注重公司产品与实际需求的紧密结合。公司具有稳定的校外培养基地，且与企业、用人单位之间具有长期、稳定的合作关系，同时不定期参加省环保厅、各地市主办的科技服务活动，积极到基层、到企业进行科技帮扶活动，掌握浙江省优势企业的环保需求。在此基础上，结合本学位点的优势特色，建设有企业特色和学科特色的研究方向，制定科学规范的环境工程研究生实践及培养方案，以应用型方向培养的研究生论文选题直接来自于生产实践，具有现实针对性、应用性，通过研究生的培养，为地方经济的发展提供高级应用型技术人才。
此外，还拥有浙江省工业环保设计研究院、浙江博世华环保科技有限公司、衢州巨化集团公司、衢州巨鹏化工设备有限公司、杭州科成环境工程有限公司等多家实力雄厚的合作企业。拥有专业学位硕士生导师19人。
